יש לנקות את לוח ההדפסה הפלקסוגרפי מיד לאחר ההדפסה במכונת הדפסת פלקסו, אחרת הדיו יתייבש על פני לוח ההדפסה, דבר שקשה להסירו ועלול לגרום לפציעה. עבור דיו מבוסס ממס או דיו UV, יש להשתמש בממס מעורב (כגון אלכוהול) בריכוז נמוך יותר המתאים ללוח ההדפסה לניקוי. עבור דיו על בסיס מים, ניתן לנקות אותו עם נוזל ניקוי אלקלי או תמיסת ניקוי איכותית להדפסה פלקסוגרפית. אין להשתמש במברשת קשה כדי למנוע שריטות על לוח ההדפסה. לאחר השטיפה, יש לייבש את לוח ההדפסה עם פיסת מטלית נטולת סיבים, יש להיזהר לא לשפשף את לוח ההדפסה שוב ושוב, ולאטום אותו לשימוש מאוחר יותר לאחר הייבוש. יש לנקות את לוח ההדפסה הפלקסוגרפי מיד לאחר ההדפסה, אחרת הדיו יתייבש על פני לוח ההדפסה, דבר שקשה להסירו ועלול לגרום לפציעה. עבור דיו מבוסס ממס או דיו UV, יש להשתמש בממס מעורב (כגון אלכוהול) בריכוז נמוך יותר המתאים ללוח ההדפסה לניקוי. עבור דיו על בסיס מים, ניתן לנקות אותו עם נוזל ניקוי אלקלי או תמיסת ניקוי איכותית להדפסה פלקסוגרפית. ראוי לציין כי בעת הניקוי, יש לנגב בעדינות בעזרת מטלית כותנה רכה, ולא להשתמש במברשת קשה כדי למנוע שריטות על לוח ההדפסה. לאחר השטיפה, יש לייבש את לוח ההדפסה בעזרת מטלית נטולת סיבים, יש להיזהר לא לשפשף את לוח ההדפסה שוב ושוב, ולאטום אותו לשימוש מאוחר יותר לאחר הייבוש.